マサラタウンの少年・レッドはオーキド博士から受け取ったポケモン図鑑を手に、ポケモントレーナーの頂点を目指し旅立つ。同じ目的のライバル・グリーンとのバトル、少女・ブルーとの出会い、ロケット団との死闘を経験して、レッドはポケモンリーグでの優勝を果たす。
2年後。突如(とつじょ)レッドが失踪(しっそう)する事件で騒然とするオーキド研究所に、謎のトレーナー・イエローがやってきた。レッドの消息を追うイエローの前に、ワタルを頂点とするカントー四天王が立ちはだかる。スオウ島での決戦の末、イエローはカントー四天王の野望をくいとめた。
さらに1年後、ワカバタウンのポケモン屋敷で暮らすゴールドは、ウツギ研究所からワニノコを盗み出したシルバーを追って旅に出る。反目(はんもく)しあいながらも、やがて共闘することになるふたり。オーキド博士からポケモン図鑑完成の依頼を受けたクリスも合流し、ロケット団残党を率いて暗躍(あんやく)する仮面の男<マスク・オブ・アイス>の謀略(ぼうりゃく)をついに打ちくだいた。
ポケモンコンテストに情熱を燃やす少年・ルビーは、引っ越し先・ミシロタウンの新居を家出する。道中、野生児のサファイアと出会い「コンテスト全制覇」「全ジム戦制覇」をかけて80日間の冒険競争がはじまる。その頃ホウエン地方では、アクア団とマグマ団による征服計画が進んでいた。その結果目ざめたグラードンとカイオーガにより、ホウエンは壊滅状態に陥る。が、ルビーとサファイアの決死の戦いにより、2匹はまた深い眠りへと落ちていった。
それから半年。オーキド博士とブルーの両親がロケット団によって誘拐された。レッドはグリーンと共にナナシマへ調査に向かう。その地でレッドは、デオキシスを手中におさめたロケット団首領・サカキと対決し、完敗してしまう。さらにシルバーは実父がサカキであるという事実を知り、衝撃を受ける。しかしレッドはミュウツーとコンビを組み、のちの激闘を征した。暴走する戦闘飛空挺をも無事着陸させ安堵(あんど)するレッドたちだったが、最後に立ちはだかった三獣士サキが謎の閃光を放つ。それを浴びた5人の図鑑所有者・レッド・グリーン・ブルー・イエロー・シルバーは…!?
数か月後。完成したバトルフロンティアにやってきたエメラルドは報道陣の前で全施設の制覇を宣言、7人のブレーンに挑む7日間の挑戦を開始した。同時進行でジラーチ保護の任務も遂行するエメラルドだったが、ジラーチの能力を狙った敵・甲冑の男が行く手をはばむ。そしてついにジラーチは男の手中に落ちる。男の正体はアクア団総帥・アオギリであった。アオギリはジラーチにねがいをかなえさせ、巨大津波を巻き起こした。10人の図鑑所有者が力を合わせ、アオギリの野望に立ち向かう。
いつかの時代、どこかの場所。シンオウ地方の名家・ベルリッツ家で、ひとり娘のお嬢様が旅立ちの日を迎えた。家紋を刻むアクセサリーを作るため自ら材料を取りに行く旅、その目的地テンガン山を、2人の護衛とともに目指すのだ。
一方パール&ダイヤモンドという芸人を目指す2人はコトブキでのお笑いグランプリに出場、特別賞をもらう。ところがひょんなことから副賞の旅行券と、護衛に宛てた依頼書が入れ替わってしまった! パールとダイヤはお嬢様のことを「旅行のガイド」、お嬢様はふたりを「護衛」と思いこみ互いに納得してしまう。 広大な地を舞台に、3人のかんちがい道中が始まった!
「やぶれた世界」とはいったい…!? その情報をあつめるため、プラチナはひとりバトルフロンティアの、あるゾーンへやってきた! 国際警察のハンサムという心強い味方とも合流! 5つのバトル施設の完全制覇を目指す! 背後にうごめく悪の野望と伝説のポケモンの謎!! はたしてプラチナの挑戦のゆくえは…!?
かつて壊滅したはずの悪の組織・ロケット団が、ジョウト地方で再起をはかっていた。その動きを察知したシルバーは、独自に調査を開始する。一方ゴールドは、オーキド博士とウツギ博士に呼び出され、「アルセウス」についての情報をワタルから入手せよと命じられる。また、クリスはジョバンニ塾の遠足で、子どもたちとともにサファリゾーンへ向かっていた。
運命に導かれるように、3人の図鑑所有者たちは、「アルセウス」をめぐるロケット団との戦いへと巻き込まれていく…!!
ブラックは「ポケモンリーグ優勝」という夢をもつ少年! ポケモン図鑑を手に、広大なイッシュ地方の旅に出発する。その道中、CM撮影の現場で、ブラックのポカブが出演依頼のスカウトを受ける。スカウトしたのは、「一流のポケモンタレントを育てあげる」という夢をもつ、芸能事務所の女社長・ホワイトだった。ふとしたきっかけで出会った2人が、おたがいの夢を追いかけて、行動をともにする。
そのころ、イッシュ地方の各地で、ポケモン解放をうったえる謎の集団・プラズマ団が、暗躍をはじめていた…!
プラズマ団事件から2年後のイッシュ地方、ヒオウギシティ。トレーナーズスクールに通う少年・ラクツは、バトルセンス抜群で女の子にもモテモテ! しかしその正体は、逃げたプラズマ団の七賢人を追う国際警察の捜査官だった。昼はスクールの生徒として学校生活を送りながら潜入捜査をしていたラクツは、ハンサムと合流し2人での捜査を開始する。
一方、トレーナーズスクールに転校してきた少女・ファイツは、元プラズマ団員という正体をかくしていたのだが、バトルの腕前をベルに見込まれてしまい、ラクツとともにポケモン図鑑をたくされてアララギ博士の研究に協力することになってしまう。
お互いに正体を知らないまま、クラスメイトとして行動をともにするラクツとファイツ。その影では、闇の科学者・アクロマ率いるプラズマ団が再び騒動を起こしていた――!!
天才的なポケモンバトルのうでを持ちながら、部屋にとじこもる少年・エックス。そんなエックスを外へ誘う、幼なじみのワイ、トロバ、サナ、ティエルノ。アサメタウンで繰り返されてきた“日常”が、突然の事件によってこわされる! 街に伝説のポケモン、ゼルネアスとイベルタルが現れ、さらには2匹をねらうナゾの『赤スーツの一団』も…!! カロス地方で一体何が起ころうとしているのか? 5人は失われたそれぞれの大切なものを取りもどすため、アサメタウンから旅立つ!
「甲冑の男」の野望を打ちくだき、平和を取りもどしたホウエン地方。しかし、新たな危機が静かに忍び寄っていた。ダイゴによって緊急招集されたルビー、サファイア、エメラルドは、特訓を開始! ムロタウン・石の洞窟の奥に描かれた壁画の意味を読み解きながら、メガシンカの習得をめざす。陸に、海に、空に、再び現れる“伝説”の刃…。3人の、新たな戦いの幕が上がる!